Os Departamentos Científicos têm a finalidade de assessorar a Diretoria da SPSP, emitindo pareceres quando solicitados, propondo normas ou recomendações, e realizando reuniões periódicas, encontros, cursos relacionados a assuntos específicos da respectiva área de atuação médica ou conhecimento.
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| Departamento | Presidente | Vice-presidente | Secretário |
|---|---|---|---|
| Adolescência | Geni Worcman Beznos | Marisa Lazzer Poit | Mauricio Castro S. Lima |
| Aleitamento Materno | Valdenise M. L. Tuma Calil | Keiko M. Teruya | Lais G. dos Santos Bueno |
| Alergia e Imunologia | Antonio Carlos Pastorino | Victor Nudelman | Angela Bueno Fomin |
| Bioética | Mario Roberto Hirschheimer | Drauzio Viegas | Fernando Jorge da C. Lyra Filho |
| Cardiologia | Liane Hulle Catani | Sylvia Liana Cartolano Di Grassi | Raimundo Antonio Foronda Tonico |
| Defesa Profissional | Claudio Barsanti | Rubens Feferbaum | Sergio Antonio Bastos Sarrubbo |
| Dermatologia | Antônio Carlos Madeira de Arruda | Zilda Najjar Prado de Oliveira | Débora Gejer |
| Diagnóstico por Imagem | Joel Schmillevitch | Roberto Avritchir | Bety Karpovas Schiman |
| Emergências | Adriana Vada S. Ferreira | Hany Simon Junior | Marcelo Conrado dos Reis |
| Endocrinologia | Hilton Kuperman | Raphael Del Roio Liberatore Jr. | Adriana Ap. Siviero Miachon |
| Gastroenterologia | Mauro Sérgio Toporovski | Eraldo Samogin Fiore | Vera Lucia Sdepanian |
| Genética | Zan Mustacchi | Roberto Muller | Patrícia Salmona |
| Ginecologia e Obstetrícia | Mônica López Vázquez | Andrea Hercowitz | Adriana Bittencourt Campaner |
| Infectologia | Helena Keico Sato | Silvia Regina Marques | Marco Aurélio Safadi |
| Medicina do Sono na Criança e no Adolescente | Rosana Souza Cardoso Alves | Gustavo Antonio Moreira | José Carlos Pereira Júnior |
| Nefrologia | Olberes Vitor Braga de Andrade | Anelise Del Vecchio Gessulo | Zélia Maria de Andrade |
| Neonatologia | Cláudio Ribeiro Aguiar | Paulo Roberto Pachi | Vera Lucia Figueiredo Senise |
| Nutrição | Claudio Leone | Fernanda Luisa C. Oliveira | Maria Arlete M. S. Escrivão |
| Oftalmologia | Rosa Maria Graziano | Nilva S. Moraes | Luis Carlos F. Sá |
| Oncologia e Hematologia | Sandra Regina Loggetto | Katharina Nelly Tobos | Fernando Luiz Lupinacci |
| Ortopedia | Roberto Guarniero | Akira Ishida | Rui Maciel Godoy Jr |
| Otorrinolaringologia | Silvio Antonio M. Marone | Shirley Pignatary | Ney Penteado de Castro Jr. |
| Pediatria Ambulatorial e Cuidados Primários | José Gabel | Ana Cristina R. Zollner | Elisete Miguel José Junqueira |
| Pneumologia | Joaquim Carlos Rodrigues | Adyléia A. Dalbo C. Toro | Ana Maria Cocozza |
| Pediatria Legal | Mario Santoro Jr. | João Paulo de A. Sonnewend | Kátia da S. G. Meirelles |
| Reumatologia | Silvana B. Sacchetti | Roberto Marini | Maria Teresa Terreri |
| Saúde Escolar | Glaura Cesar Pedroso | Jorge Harada | Fausto Flor Carvalho |
| Saúde Mental | Gislene do Carmo Jardim | Roseli Maria Duarte Ancona Lopez | Vera da Penha M. Ferrari Rego Barros |
| Segurança da Criança e do Adolescente | Regina Maria B. K. Pirito | Renata Dejtiar Waksman | Daniel Katayma |
| Suporte Nutricional | José Simon Camelo Junior | Silvana Darcie Maccagnano | Grasiela Bossolan |
| Terapia Intensiva | Rodrigo de F. Nóbrega | Renato Lopes de Souza | Marcelo B. Brandão |
