Os Departamentos Científicos têm a finalidade de assessorar a Diretoria da SPSP, emitindo pareceres quando solicitados, propondo normas ou recomendações, e realizando reuniões periódicas, encontros, cursos relacionados a assuntos específicos da respectiva área de atuação médica ou conhecimento.
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| DEPARTAMENTO | PRESIDENTE | VICE-PRESIDENTE | SECRETÁRIO |
| Adolescência | Maria Ignês Borges Saito | Maria Sylvia de S. Vitalle | Carlos Alberto Landi |
| Aleitamento Materno | Marisa da Matta Aprile | Maria José G. Mattar | Regina Ap. Ribeiro Braghetto |
| Alergia e Imunologia | Vera Esteves Vagnozzi Rullo | Maria José G. Marcos Tadeu Nolasco da Silva | |
| Bioética | Clóvis Francisco Constantino | Ana Cristina R. Zollner | Simone Brasil de Oliveira Iglesias |
| Cardiologia | Gustavo Foronda | Liane Hulle Catani | Deipara Monteiro Abellan |
| Clínica Cirúrgica em Pediatria | José Roberto de Sousa Baratella | José Carnevale | Marcelo Iasi |
| Cuidados Domiciliares | Fernando Jorge da C. Lyra Filho | José Gabel | Ana Lúcia Santoro |
| Cuidados Hospitalares | Maria Teresa Torgi Alves | Heloisa Fuzita Ionemoto | Maria Ap. Rodrigues Bueno Novaes |
| Cuidados Paliativos | Silvia Maria de Macedo Barbosa | Ivete Zoboli | Marcia Puato Vieira Pupim |
| Dermatologia | Silvia Assumpção Soutto Mayor | Antônio Carlos Madeira de Arruda | Maria Cecília da M. Rivitti Machado |
| Diagnóstico por Imagem | Joel Schmillevitch | Ana Gorski | Roberto Avritchir |
| Emergências | Marcelo Conrado dos Reis | Milena de Paulis | Paula Cristina Ranzini |
| Endocrinologia | Cristiane Kochi | Adriana A. Siviero Miachon | Patrícia Débora Tosta Hernandez |
| Gastroenterologia | Mauro Batista de Morais | Vera Lúcia Sdepanian | Adriana Maria Alves de Tommaso |
| Genética | Patrícia Salmona | Luis Garcia Alonso | Roberto Muller |
| Ginecologia e Obstetrícia | Mônica López Vázquez | Andrea Hercowitz | Irene Walter de Freitas |
| Hematologia e Hemoterapia | Célia Martins Campanaro | Miriam Verônica Flor Park | Andrea Angel |
| Infectologia | Silvia Regina Marques | Helena Keico Sato | Irene Walter de Freitas |
| Medicina do Sono na Criança e no Adolescente | Lucila Bizari F. do Prado | Gustavo Antonio Moreira | Beatriz Neuhaus Barbizan |
| Nefrologia | Maria Helena Vaisbich | Natalia Andréa da Cruz | Maria Luiza Dautro do Val |
| Neonatologia | Celeste Gómez Sardinha Oshiro | Lílian dos Santos R. Sadeck | Monica de Souza B. Pinheiro |
| Neurologia | Saul Cypel | Carlos Takeuchi | Cristina Maria Pozzi |
| Nutrição | Maria Arlete M. S. Escrivão | Rubens Feferbaum | Mauro Fisberg |
| Oftalmologia | Luís Carlos F. Sá | Rosa Maria Graziano | Márcia Keiko Uyeno Tabuse |
| Oncologia e Hematologia | Célia Martins Campanaro | Sandra Regina Loggetto | Miriam Verônica Flor Park |
| Ortopedia | Rui Maciel Godoy Jr. | Roberto Guarniero | Alexandre Lourenço |
| Otorrinolaringologia | Renata Cantisani Di Francesco | Silvio Antonio M. Marone | Renata Dutra de Moricz |
| Pediatria Ambulatorial e Cuidados Primários | Tadeu Fernando Fernandes | Rosa Resegue Ferreira da Silva | José Gabel |
| Pneumologia | Fabíola Villac Adde | Sonia Mayumi Chiba | Lucia Harumi Muramatu |
| Reumatologia | Adriana Maluf Elias Salum | Melissa Mariti Fraga | Lúcia Maria de Arruda Campos |
| Saúde Escolar | Fausto Flor Carvalho | Maria Isa Pereira de Souza | Glaura Cesar Pedroso |
| Saúde Mental | Vera da Penha M. Rego Barros | Miriam Ribeiro de F. Silveira | Sonia Maria Baldini |
| Segurança da Criança e do Adolescente | Regina Maria C. Gikas | Tania Maria Russo Zamataro | Daniel M. Katayama |
| Suporte Nutricional | Grasiela Bossolan | José Simon Camelo Junior | Hilton Coimbra Borgo |
| Terapia Intensiva | Marcelo Barcela Brandão | Ivan Polastrini Pistelli | José Ernesto Augusto Trigo |
| GRUPOS DE TRABALHO | COORDENADOR/ PRESIDENTE |
VICE-COORDENADOR/ VICE-PRESIDENTE |
SECRETÁRIO |
| Combate ao Uso de Drogas por Crianças e Adolescentes | João Becker Lotufo | ||
| Efeitos do Álcool na Gestante no Feto e no Recém-nascido | Conceição Ap. Mattos Segre | Hermann Grinfeld | |
| Núcleo de Estudos da Violência Doméstica Contra a Criança e o Adolescente da SPSP | Renata D. Waksman | ||
| Saúde Oral | Liliana Takaoka | Lucia Coutinho |
