Introdução: O epitélio intestinal do recém-nascido (RN) é uma superfície mucosa sensível e pode apresentar respostas inflamatórias exacerbadas tanto para bactérias comensais como patógenos. RNs portadores de defeitos congênitos da parede abdominal e do abdome submetidos à correção cirúrgica e internados em Unidades de Cuidado Intensivo são mais susceptíveis a influências ambientais, com consequente desordem da microbiota intestinal, tornando possível a proliferação de bactérias patogênicas. Objetivos: Avaliar a evolução da composição da microbiota intestinal de recém-nascidos no pós operatório da cirurgia abdominal,. Métodos: Incluídos 30 RN com malformações da parede abdominal, os quais foram divididos em: gastrosquise (n=18), onfalocele (n=8) ou atresia / hérnia (n=4). Resultados: O filo mais abundante ao nascimento foi Firmicutes, o segundo Proteobacteria. O principal gênero ao nascimento na onfalocele e no grupo com atresia / hérnia foi Staphylococcus. O gênero mais abundante na gastrosquise foi Streptococcus. O filo Proteobacteria foi o mais abundante no grupo que recebeu mais de 3 ciclos de antibióticos . O filo Firmicutes apresentou-se mais abundante no grupo que recebeu menos de 3 ciclos. O filo Bacteroidetes foi mais abundante no grupo que recebeu mais de 3 ciclos e Actinobacteria no grupo que recebeu menos de 3 ciclos. O gênero mais prevalente no grupo que recebeu mais de 3 ciclos de antibióticos foi Klebsiella . Com relação ao tempo de uso de NPP os filos com correlação positiva fraca foram Actinobacteria e Bacteroidetes. A influência do tempo de jejum na microbiota intestinal mostrou o filo Bacteroidetes Os gêneros que apresentaram significância no teste de correlação Lactobacillus e Lachnospiraceae. Discussão: Os resultados obtidos poderão ser importantes para entender como se dá a colonização da microbiota intestinal na criança com malformações da parede abdominal e suas possíveis consequências clínicas e as intervenções para melhorar a adaptação intestinal e qualidade de vida.